食用黑蒜是可以杀菌消毒的黑蒜中含有的大蒜素具有广谱抗菌效果，它对几十种流行病毒及多种致病微生物都有杀灭作用。起杀菌作用的成分主要是大蒜素，还有一种白色油脂性液体“硫化丙烯。这种大蒜素即使稀释10万倍仍能在瞬间杀死伤寒杆菌、痢疾杆菌、流感病毒等。黑蒜的挥发性物质、浸出液及蒜素在试管内对多种致病菌都有明显的抑制或杀灭作用。

这些含硫化合物对腐败真菌也有很强的抑制和杀灭作用，其作用强度相当于甚至强于化学防腐剂苯甲酸、山梨酸，是发现的天然植物中抗菌作用最强的一种。黑蒜杀菌消毒能力是青霉素的10倍。